Необходимость создания военной флотилии на Чудском озере возникла в тот момент, когда Вермахт занял Ригу и вышел на рубеж реки Западная Двина. 3 июля приказом командующего Морской обороной Ленинграда и Озерного района (МОЛИОР) контр-адмирала Самойлова на базе дивизиона учебных кораблей высшего военно-морского инженерного училища была сформирована Чудская военная флотилия (ЧВФ). Ее командующим был назначен капитан 1-го ранга Н. Ю. Авраамов. В целом новое формирование было подчинено МОЛИОРу, а в оперативном отношении – командованию сухопутных войск. Этот же приказ предписывал изъять все плавсредства у их владельцев и перевести из западной части озера в восточную.